İzmir Demokrasi Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Makine Mühendisliği Anabilim Dalı'nda lisansüstü düzeyde helen Yüksek Lisans ve Doktora programları yürütülmektedir.
Yüksek Lisans ve Doktora yapmak isteyen öğrenciler için Fakültelerin Makine Mühendisliği Bölümünden mezun olma şartı aranmaktadır. Gerekli şartı başvurularda sağlayan lisans öğrencileri 120 AKTS ders yükünü 4 yarıyıl sonunda tamamlayarak mezun olabilirler. Doktora programında ise Makine Mühendisliği yüksek lisans programını tamamlayan öğrenciler gerekli şartı ve başarıyı başvurularda sağlamak kaydıyla doktora programına kabul edilirler ve 240 AKTS ders yükünü tamamlamak şartıyla mezun olurlar.